راي دادگاه بدوي در سال 92 مالكيت اين دو مجموعه را به بنياد مستضعفان واگذار كرده بود، اتفاقي كه هنوز هم مسئولان سازمان ميراث فرهنگي با آن مخالفت كرده و مجموعه‌هاي سعدآباد و نياوران را بخش‌هاي جدا نشدني از تاريخ و ميراث پايتخت مي‌دانند.
سال‌هاست كه مالکيت دو کاخ سعدآباد و نياوران محل مناقشه ميان بنياد مستضفعان و سازمان ميراث فرهنگي بوده است. هر يک از اين دو نهاد براساس برخي مستندات ادعاي مالکيت اين کاخ‌ها را دارند اما در تازه‌ترين اتفاق دادگاه بدوي راي به نفع بنياد مستضعفان و مالکيت آن بر اين دو کاخ داده است. بنياد مستضعفان و سازمان ميراث فرهنگي چند سالي است که بر سر مالکيت بر دو کاخ سعدآباد و نياوران مناقشه دارند. اصل دعوا بر سر تقاضاي دولت مبني بر اصلاح سند مالکيت سعدآباد و برخي ديگر از مجموعه‌ها اتفاق افتاده است. تا قبل از تقاضاي دولت براي دريافت سند مالکيت سعدآباد به نام دولت، بنياد مستضعفان اگرچه سند مالکيت سعدآباد را در دست داشته، اما ادعايي در اين زمينه نمي‌کرده است اما بعد از تقاضاي دولت براي اصلاح سند مالکيت اين مجموعه، مقامات بنياد هم به تکاپو افتادند تا ملکي که سال 63 به نام آنها به ثبت رسيده را از دولت پس بگيرند.
دعواي بنياد مستضعفان و سازمان ميراث فرهنگي بر سر ماليکت اين دو کاخ از سال ۱۳۸۷ و در زماني که حميد بقايي ـ رييس وقت آن سازمان از طريق مدير وقت مجموعه سعدآباد، خواستار ابطال اسناد مالکيت بنياد بر آن کاخ شد، بالا گرفت که آن زمان بنياد مستضعفان با تشکيل پرونده‌اي در دادگاه انقلاب اسلامي، خواستار تعيين تکليف بر ادعاي مالکيت سازمان ميراث فرهنگي و گردشگري بر آن دو مجموعه شد.
در هر حال روشن است که سازمان ميراث فرهنگي متولي نگهداري از ميراث تاريخي کشور است. هرچند که سازمان ميراث فرهنگي به‌عنوان متولي نگهداري از آثار تاريخي تشکيل شد و بايد همه آنچه که مربوط به ميراث ايران است، در اختيار اين سازمان قرار گيرد اما برخي از نهادها و بنيادها مانند بنياد مستضعفان داعيه نگهداري از ميراث ايران را موازي با سازمان متولي آن دارند بر همين اساس سعي مي‌کنند هر از چند گاهي شانس خود را براي به دست آوردن اين املاک امتحان کنند. بنياد مستضعفان نيز از اين قاعده مشتثني نيست و با روي کار آمدن تيم مديريتي جديد در سازمان ميراث فرهنگي بار ديگر اين موضوع را پيگيري کرده است.


پيش از اين قاسم سعيدي، معاون حقوقي بنياد مستضعفان گفته بود: «بنياد مستضعفان قصد تجميع املاک خود را داشت و از سازمان ميراث فرهنگي به دليل اين‌که از واگذاري اين دو کاخ استنکاف مي‌کرد، شکايت کرد و دادخواستي را به دادگاه بدوي ارائه داد. دادگاه هم در اين زمينه رأي را به نفع بنياد مستضعفان صادر کرد. مديريت دو کاخ بر عهده سازمان ميراث فرهنگي است، اما بايد مشخص شود که اين دو کاخ و زمين‌ها و بناهاي اطرافش در مالکيت بنياد مستضفعان است نه آن سازمان.»
درهمين حال محمدحسن طالبيان، معاون ميراث‌فرهنگي کشور به دنبال اظهارات تازه بنياد مستضعفان درباره مالکيت اين بنياد بر کاخ‌موزه‌هاي نياوران و سعدآباد و حکم دادگاهي که از آن سخن گفته، اظهار کرد: کاخ‌موزه‌هاي سعدآباد و نياوران در دوران پهلوي به وزارت دربار تعلق داشته و با هزينه بيت‌المال احداث شده است، بنابراين جزو اموال خاندان پهلوي به‌حساب نمي‌آيد و جزو بيت‌المال است و به استناد فرمان حضرت امام خميني (ره) مورخ 13 اسفند ماه 57، مالکيت اين دو کاخ بر عهده دولت است. وي يادآور شد: براساس ماده يک لايحه قانوني مصوب شوراي انقلاب به تاريخ 23 فروردين ماه سال 59، کليه کاخ‌ها ازجمله نياوران و سعدآباد با محوطه و تأسيسات آن‌ها براي ايجاد موزه در اختيار وزارت فرهنگ و آموزش عالي وقت قرار گرفت. ضمن اين‌که بر اساس ماده ۲ همين لايحه تمام اشياي عتيقه براي حفظ و نگهداري در موزه‌ها تحويل وزارت فرهنگ و آموزش عالي (سازمان ميراث‌فرهنگي) مي‌شود و از سال ۱۳۵۹ تاکنون تمامي‌مجموعه موزه‌هاي موصوف در حال ارائه خدمات به عموم است.
طالبيان افزود: براساس بند ۵ مصوبه هيأت وزيران مورخ 2 آذر ماه 60 متضمن قانون تشکيل سازمان ميراث‌فرهنگي، کاخ‌هاي نياوران و سعدآباد يکي از واحدهاي تابعه اين سازمان است. معاون ميراث فرهنگي تأکيد کرد: آنچه مهم است اين است که سعدآباد و نياوران يک لايه از تاريخ معاصر تهران است و حفاظت، نگهداري، مرمت و معرفي اين لايه از تاريخ بر عهده سازمان ميراث‌فرهنگي، صنايع‌دستي و گردشگري به‌عنوان سازمان تخصصي در اين حوزه نهاده شده است. وي، معماري دو کاخ‌موزه سعدآباد و نياوران را بخش تفکيک‌ناپذيري از هويت تهران قديم و جديد دانست و گفت: مجموعه منحصربه‌فردي از معماري تاريخي و معماري معاصر در تهران وجود دارد که بخش مهمي‌از اين مجموعه شامل معماري منحصربه‌فرد در نياوران و سعدآباد است که آثار هنرمندان و معماران برتر و صاحب‌نام است و اگر قرار باشد در آينده پرونده‌اي به‌منظور ثبت‌جهاني معماري معاصر تهران تهيه شود آثار معماري سعدآباد و نياوران از اهميت ويژه‌اي برخوردار هستند. طالبيان اظهار کرد: سازمان ميراث‌فرهنگي به لحاظ قانوني خود را ملزم به حفاظت و صيانت از اين دو اثر تاريخي مي‌داند و با توجه به ظرفيت فرهنگي اين دو کاخ‌موزه و همچنين با توجه به اين‌که سعدآباد و نياوران دو پهنه سبز تهران محسوب مي‌شوند و بايد حفاظت و نگهداري از اين دو مجموعه در اختيار دستگاه تخصصي متولي امور ميراث‌فرهنگي و تاريخي، يعني سازمان ميراث‌فرهنگي، صنايع‌دستي و گردشگري واگذار شود. او يادآور شد: در تمام دنيا مديريت کاخ‌موزه‌ها بر عهده سازمان‌هاي تخصصي است، ضمن اين‌که تجربه نشان مي‌دهد هر فضاي فرهنگي که از نظر مالکيت بلاتکليف مانده ضرر ديده است که به‌‎عنوان مثال مي‌توان به کاخ مرواريد و باغ رامسر اشاره کرد. معاون ميراث فرهنگي کشور گفت: برخلاف برخي از نهادها، نگاه سازمان ميراث‌فرهنگي به مجموعه موزه‌ها و کاخ‌موزه‌ها نه تنها نگاه اقتصادي نيست، بلکه يک نگاه فرهنگي است که در حقيقت منافع ملي را در بر مي‌گيرد و مطمئن هستم که بنياد مستضعفان در اين موضوع پراهميت، منافع ملي را مد نظر قرار مي‌دهد. طالبيان بيان کرد: علاوه بر اين نبايد فراموش کنيم اين دو کاخ‌موزه به‌عنوان ميراث تاريخي و ملي ايران متعلق به تمام ايرانيان است و بنابراين سازمان ميراث‌فرهنگي به‌عنوان متولي اصلي حفظ و حراست از آثار تاريخي کشور خود را ملزم به حراست ويژه از اين دو اثر ملي کشور مي‌داند و براي حفظ اين مجموعه‌هاي بسيار مهم تمام تلاش حقوقي و اجرايي خود را به کار خواهد بست.